Pôvodne sa Ústav biochémie a genetiky živočíchov SAV nachádzal v obci Ivanka pri Dunaji asi 5 km od hraníc hlavného mesta SR Bratislavy. Ústav vznikol v r. 1990 osamostatnením detašovaného pracoviska Ústavu fyziológie hospodárskych zvierat SAV Košice, ktoré existovalo v Ivanke pri Dunaji od r. 1969. V čase vzniku existoval ústav ako spoločné pracovisko troch organizácií (ÚFHZ SAV, Ústav experimentálnej veterinárnej medicíny, Ústav zoohygieny a veterinárnej techniky). Počas prvých rokov samostatnej existencie ústavu prišlo k viacerým organizačným prestavbám a výraznej personálnej redukcii.
